氨基柱是同时可以用于正相和反相条件的一种色谱柱。但正相溶剂和反相溶剂是不互溶的，这一点不能忽略。对于新购柱子，首先请注意打开分析测试说明书，了解柱子的保存溶剂。如果保存溶剂与你将要使用的流动相极性不同不会互溶，请先用异丙醇过渡。过渡过程中注意因异丙醇粘度较大，会导致柱压很高，适当调低流速。如果流动相中还有缓冲盐类，先用不含缓冲盐的同比例流动相过渡，避免缓冲盐的析出。
氨基柱既可以正相使用，也可以反相使用，但是要注意到的是：正相溶剂和反相溶剂往往是不互溶的，正常情况新氨基柱保存在正相环境中，例如LUNA氨基柱保存在正己烷-乙腈(99：1)中。
1、正相使用
新柱子可直接用流动相。推荐先用正己烷-乙腈(99：1)以0.5ml/min的流速冲10倍柱体积，再根据流动相选用极性相近的仿或二氯甲烷以相同的流速冲10倍柱体积，后换成流动相。
①正相使用时，不宜分析含醛基、羰基的化合物，不可用于还原糖的分析;流动相要*脱气，并不得含有羰基化合物和过氧化物(质量不好的yi醚、四呋喃含有少量)。
②任何时候更换流动相时都要确保新流动相与柱子原保存液可互溶。
2、反相使用
①、先用正己烷-乙腈(99：1)以0.5ml/min的流速冲10倍柱体积，再依次以相同的流速相同的用量用仿、异丙醇、甲醇、甲醇-水(50：50)冲柱子。
②、以0.5ml/min的流速用30倍柱体积的pH11.0的氧化钠(LUNA)水溶液冲柱子(注意pH值切不可超过11.0)，立即用水(0.5ml/min的流速，30倍柱体积)冲洗，再换成流动相。
③、配制流动相时，应各组分分别量取，比例较小的组分要精密量取，需调pH值时要精密到0.1。
④、反相条件下使用时，要特别注意控制pH值范围，pH值越低越有发生水解的危险，流动相中水的比例越高当然也越有发生水解的危险。的pH范围在
⑤、如果要使用的流动相中还含有缓冲盐类，建议在用分析流动相之前，先用不含缓冲盐的同比例流动相过渡，这样可避免缓冲盐在分析柱内的析出。
⑥、有一种情况是，当使用氨基柱进行酸性物质的分析时，酸性物质的存在意味着质子的存在，可能会使略带负电荷的氨基官能团质子化，导致使用一段时间后对于某些类的分析物保留性质有所改变或表现在柱效下降。建议：用5-10倍的柱体积的含0.5-1.0%NH3的乙腈-水(50:50)溶液冲洗该柱(冲洗后当然要再用不含碱的流动相洗去多余氨)，之后再进行分析这类酸性分析物时建议在流动相中略微添加少许氨如0.1%。
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